Флаг Южного административного округа – это прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине как 2:3, диагонально разделённое снизу от древка белой волнистой полосой шириной в 2/15 ширины флага.
В верхней, прилегающей к древку, пурпурной части полотнища золотая патриаршая митра.
В нижней зелёной части полотнища серебряные ворота Свято-Данилова монастыря».
Белая волнистая полоса символизирует Москву-реку, протекающую по территории округа.
Золотая патриаршая митра в пурпурном поле символизирует связь духовной и светской жизни.
Серебряные ворота Свято-Данилова монастыря в зелёном поле символизируют первую, как в прошлом, так и в настоящем, обитель города Москвы, имеющую статус духовно-административного центра.
У района Орехово-Борисово Южное также есть флаг муниципального образования. Он представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
В центре жёлтого полотнища помещено изображение трёх лесных орехов на трёх листьях натуральных цветов в виде опрокинутого вилообразного креста. Три лесных ореха на трёх листьях символизируют принадлежность района к сформированному в 1970-х годах крупному жилому массиву Орехово-Борисово, в основу названия которого вошли наименования старых деревень XVI века Орехово и Борисово. Жёлтый цвет полотнища символизирует южную часть жилого массива Орехово-Борисово.